Genomikk av patogene mikrober

Både nye isolater og dype evolusjonære spor blir studert og satt i sammenheng med hverandre. Mikrobiell genomikk gir innsikt i levevis, tilpasninger og utvikling som er av betydning for medisinsk diagnostikk og intervensjon. Dette inkluderer vaksinasjon, smittesporing, screening og antimikrobiell behandling.

Genomiske data fra hundretusenvis isolater fra egne studier og globale databaser blir studert med et evolusjonært og klinisk perspektiv. Genomiske analyser gir også retning til laboratorieundersøkelser som kan gi bedre innsikt i viktige fysiologiske prosesser som resistens og virulens.

Gruppen vil utvikle det mikrobiologiske laboratoriet på OsloMet og bygge ut det analytiske repertoar. Gruppen undersøker flere bakterielle og virale mikrober i egne prosjekter og supplerer kliniske og epidemiologiske studier med gode samarbeidspartnere.

• Human papillomavirus-sekvensering, genomikk og evolusjon
• SARS-CoV-2-sekvensering, genomikk og evolusjon
• Bakterie-sex, eksperimentelt, genomikk og evolusjon

Det dynamiske HPV-genomet og kreft

• Ph.d.-kandidat: Alexander Hesselberg Løvestad
• Hovedveileder: Ole Herman Ambur
• Medveiledere: Trine Rounge og Irene K. Christiansen
• Underprosjekt: SARS-CoV-2-genomikk
• Prosjektleder: Hege Vangstein Aamot

Genomisk HPV-variasjon i den enkelte pasient – en biomarkør for kreftrisiko og triage av HPV-infeksjoner

• Ph.d.-kandidat: Milan Stosic
• Hovedveileder: Ole Herman Ambur
• Medveiledere: Trine Rounge og Irene K. Christiansen

Bakteriesex og resiliens

• Ph.d.-kandidat: Stian Aleksander Helsem
• Hovedveileder: Ole Herman Ambur
• Medveiledere: Kristian Alfsnes og Stephan A. Frye
• Masterstudent: Visame Jonuzi

• Akershus universitetssykehus
• Oslo universitetssykehus
• Veterinærinstituttet
• Folkehelseinstituttet
• Universitetet i Oslo
• Kreftregisteret