Hele verden følger med på de nye variantene av koronaviruset som man frykter smitter lettere, skaper mer alvorlig sykdom og ikke stoppes av vaksinene. Forskere ved OsloMet og Ahus har derfor tatt i bruk en mer treffsikker metode i jakten på muterte virus.
De kombinerer såkalt helgenomsekvensering av viruset med kartlegging av nærkontakter for å undersøke mistenkte koronautbrudd.
Helgenomsekvensering betyr å kartlegge hele arvematerialet til en organisme slik at man kan oppdage nye mutasjoner som har oppstått (se faktaboks).
Mer treffsikker metode
– Denne metoden gjør smittesporingen mer treffsikker. Helgenomsekvensering kan fortelle oss akkurat hvilke muterte varianter av viruset vi har med å gjøre. Dermed kan vi få mer informasjon om utbrudd og smitteveier enn vi hadde fått ved kun tradisjonell smittesporing, sier førsteamanuensis Ole Herman Ambur ved OsloMet.
Han og stipendiat Alexander Hesselberg Løvestad ved OsloMet har gjennomført studien sammen med forskerne på Ahus.
Oppdaget mulig nytt utbrudd
Av fem mistenkte utbrudd blant ansatte på Ahus, ble to utbrudd bekreftet og ett avkreftet med smittesporingsmetoden.
I tillegg påviste forskerne et mulig nytt utbrudd som ikke kunne oppdages med tradisjonelle metoder for utbruddsoppklaring.
– Vi oppdaget to identiske varianter av viruset i to forskjellige personer som ikke var kjente nærkontakter, men som jobbet på samme avdeling. Dermed kan disse ha blitt smittet via dørhåndtak eller lignende. I tillegg til å finne frem til nye smittede personer, kan vi bruke disse dataene til å forbedre smittevernet.
Uovertruffen metode
Løvestad forteller at metoden er uovertruffen til å avkrefte utbrudd.
– Viser helgenomsekvenseringen at viruset i to personer ikke er likt, kan vi med 100 prosent sikkerhet si at de ikke er smittet av hverandre.
Han forteller at dataene fra sekvenseringen og kartleggingen av nærkontaktene til den smittede utfyller hverandre på en god måte.
– Sekvenseringen støtter den tradisjonelle smittesporingen slik at vi lettere finner smitteveiene og kan hindre spredning.
Viktig i vaksineutviklingen
Denne metoden kan også gi oss mer informasjon om hvordan koronaviruset muterer og hvor fort det kan skje.
– Koronaviruset muterer raskt. I studien vår så vi at nye mutasjoner kan oppstå mellom smittetilfeller, sier Ambur.
Hele verden lurer på om vaksinene kommer til å virke like godt på de nye virusvariantene. Det ser lovende ut, men vi vet ikke.– Ole Herman Ambur
Løvestad skal fortsette i doktorgradsarbeidet sitt å studere hvordan slike mutasjoner oppstår og overføres fra person til person.
Dette er viktig informasjon i utviklingen av vaksinene.
– Hele verden lurer på om vaksinene kommer til å virke like godt på de nye virusvariantene. Det ser lovende ut, men vi vet ikke, sier han.
Tidlig ute
Ahus var tidlig ute med å bruke metoden ved sykehuset. Siden mai 2020 har den blitt brukt i forbindelse med flere forskningsprosjekter.
Løvestad har sammen med Ahus etablert metoden i sykehusrutinen slik at vi kan fortsette overvåke hvordan nye varianter kommer til vår region og sprer seg. Dette skjedde i februar i år, forteller Ambur.
– Vi har tatt i bruk en metode som brukes over hele verden, slik at vi kan sammenligne med hva som skjer i andre land. Disse dataene er så presise at vi kan spore utbrudd til enkelte land og hendelser. Dermed kan vi være med i den globale dugnaden i kampen mot viruset, avslutter de to.
Referanse
A.H. Løvestad, S.B. Jørgensen, N. Handal, O.H. Ambur, H.V. Aamot. Investigation of intra-hospital SARS-CoV-2 transmission using nanopore whole-genome sequencing (ncbi.nlm.nih.gov). Journal of Hospital Infection, 2021.
Fakta om studien
Forskere ved OsloMet og Akershus universitetssykehus (Ahus) har kombinert såkalt helgenomsekvensering av koronaviruset med kartlegging av nærkontakter for å undersøke mistenkte koronautbrudd ved sykehuset. Denne metoden gjør smitteoppsporing mer treffsikker og kan brukes til å forstå smitteveier og hindre videre spredning.
Ved å påvise mutasjoner fra hele virusgenomet får man en høyere oppløsning enn tidligere, noe som gjør det mulig å følge virusvarianter langs smitteveiene.
